Dal II secolo a.C. si susseguono periodi con la presenza di popolazioni nordiche in modo particolare Goti e Longobardi. È possibile trovare riferimenti documentati a varie località site nel territorio comunale, risalgono però solo nei secoli seguenti i primi insediamenti certi.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     Durante il periodo napoleonico la storia del comune si intreccia brevemente con quella del Conte di Lillà, futuro Re di Francia con il nome di Luigi XVIII. Questi nel 1794, in fuga dalla minaccia delle truppe rivoluzionarie francesi, trova rifugio presso i Conti Gazzola e soggiorna nelle loro proprietà di Verona.Quando l'esercito francese di Napoleone Bonaparte arriva in prossimità di Verona il Conte fugge e si rifugia prima nella Repubblica di Venezia e poi in Germania..In seguito al congresso di Vienna del 1815, nel Regno Lombardo-Veneto assegnato all'Impero Austriaco.                                                                                                                                                                                                                                                                    Alla fine del 1866 il Veneto viene annesso al neonato Regno d'Italia.Nel 1927, in pieno periodo fascista lo storico Comune di San Giovanni Lupatoto viene soppresso ed accorpato a Verona. Nel 1932 il Comune viene ripristinato ma la frazione di Palazzina Sant'Andrea rimane a Verona. Alcuni vorrebbero accorpare nuovamente il comune di San Giovanni Lupatoto al comune di Verona.